1 sierpnia 1998 r.
Na mocy decyzji Rady Ministrów z 21 lipca 1998 r. z dniem 1 sierpnia utworzona została Gorzowska Wyższa Szkoła Zawodowa w Gorzowie Wielkopolskim. Funkcję rektora powierzono prof. dr. hab. Zenonowi Głodkowi. Zgodnie z ustawą o wyższych szkołach zawodowych do podstawowych zadań nowej jednostki zaliczono kształcenie studentów w zakresie 6 specjalności zawodowych. W celu realizacji zadań edukacyjnych, w momencie powstania Uczelni, stworzono strukturę instytutową, powołując dwie tego typu jednostki: Instytut Administracji i Zarządzania oraz Instytut Nauczycielski, a także Kolegium Języków Obcych. Utworzono również ogólnouczelniane: Studium Języków Obcych, Studium Informatyki, Studium Wychowania Fizycznego.
Multimedialny przewodnik
W kolejnych latach powstały następne dwa instytuty, z których ostatni powołano w 2009 r., gdy PWSZ zakupiła prywatną uczelnię – Wyższą Szkołę Informatyczną w Gorzowie Wielkopolskim, na bazie której utworzono Instytut Techniczny. W takiej strukturze instytutów PWSZ funkcjonowała do 2013 r., kiedy to Senat Uczelni pozytywnie zaopiniował ideę powołania podstawowych jednostek organizacyjnych, dzięki czemu, jako pierwsze, powołano wydziały: Ekonomiczny oraz Humanistyczny, a następnie Prawa i Bezpieczeństwa oraz Techniczny.
W 2000 r. rozpoczęło działalność wydawnictwo naukowe PWSZ. W ciągu kolejnych szesnastu lat nakładem oficyny ukazały się 233 tytuły o łącznym nakładzie ponad 40 tys. egzemplarzy. W 2008 r. JM Rektor prof. dr hab. Elżbieta Skorupska-Raczyńska podjęła zakrojone na szeroką skalę prace w celu wzmocnienia uczelni pod względem naukowym. Wsparcie młodej kadry naukowej oraz pozyskiwanie kadry zewnętrznej na pierwszy etat do Gorzowa zaowocowało zdynamizowanym rozwojem w kolejnych latach. Uczelnia zaczęła wypracowywać pozycję bardzo dobrej wyższej szkoły zawodowej. Rozwój badań i kadry naukowej zaczęto dostrzegać w środowisku akademickim. Prace zmierzające do podniesienia statusu Uczelni prowadzone były na przestrzeni kilku lat.
W złożonym procesie, poza rozwojem kadry i badań naukowych, były także widoczne działania formalno-prawne, w ramach których podejmowano szereg działań, począwszy od konsultacji, poprzez stanowienie wewnętrznych aktów normatywnych związanych z dostosowywaniem struktury Uczelni.
Do końca 2015 r. realizowany był plan upoważniający do złożenia wniosku o powołanie samodzielnej uczelni akademickiej. Autorem koncepcji i głównym wykonawcą skomplikowanego, ambitnego i ważnego dla przyszłości Gorzowa Wielkopolskiego i regionu zadania była prof. dr hab. Elżbieta Skorupska-Raczyńska wraz z zespołem. Kryteria ww. planu zostały oparte o silne filary, takie jak: intensywny rozwój pierwszoetatowej kadry naukowej, znaczący stan badań, rozbudowa nowoczesnej infrastruktury. Wysiłek JM Rektor został uwieńczony sukcesem: 13 maja 2016 r. w Sejmie została uchwalona ustawa o utworzeniu Akademii im. Jakuba z Paradyża.
Obecnie
Obecnie w Uczelni funkcjonuje pięć wydziałów: Ekonomiczny, Humanistyczny, Prawa i Bezpieczeństwa, Nauk o Zdrowiu, Techniczny, w ramach których funkcjonują katedry i zakłady. Studenci mogą kształcić się na 21 kierunkach studiów licencjackich, inżynierskich i magisterskich, z obszaru nauk inżynieryjno-technicznych, humanistycznych, społecznych oraz nauk medycznych i nauk o zdrowiu, a są to: administracja, automatyka i robotyka, bezpieczeństwo narodowe, dietetyka, energetyka, filologia polska, filologia (język angielski, język niemiecki), finanse i rachunkowość,informatyka, inżynieria bezpieczeństwa, komunikacja medialna i społeczna, kryminologia stosowana, logistyka, mechanika i budowa maszyn, pedagogika, pedagogika przedszkolna i wczesnoszkolna (pięcioletnie jednolite studia magisterskie), pielęgniarstwo, prawo, ratownictwo medyczne, turystyka i rekreacja, zarządzanie. Kolejne kierunki są w procedurze przygotowawczej. Od początku działalności uczelni funkcjonuje w jej strukturach biblioteka, składająca się obecnie z Biblioteki Głównej im. Elizy Orzeszkowej (kampus przy ul. Fryderyka Chopina) oraz Biblioteki im. prof. Ewy Rzetelskiej-Feleszko (kampus przy ul. Teatralnej).
W AJP działają także jednostki ogólnouczelniane:
- Akademickie Centrum Badań Euroregionalnych pod patronatem Instytutu Slawistyki PAN,
- Akademickie Centrum Studiów Niemcoznawczych i Europejskich,
- Akademickie Centrum Ukrainoznawcze,
- Akademickie Centrum Wsparcia Osób z Niepełnosprawnościami,
- Biblioteka Główna im. Elizy Orzeszkowej,
- Dom Studenta nr 1,
- Uniwersytet Młodego Odkrywcy Czym skorupka za młodu, Ośrodek Edukacyjny Lubuska Młodzieżowa Akademia Bezpieczeństwa,
- Akademicka Poradnia Językowa
- Szkoła Języka Polskiego dla Cudzoziemców
- Instytut Nanotechnologii i Nanobiologii.
W styczniu 2019 r. Akademia uzyskała prawa do doktoryzowania w dyscyplinie językoznawstwo. W tym samym miesiącu Wydawnictwo Naukowe AJP zostało wpisane na prestiżową listę renomowanych wydawnictw MNiSW i przyznano mu 80 pkt. Obecnie procedowany jest kolejny wniosek o nadanie uprawnień do doktoryzowania w zakresie mechaniki i budowy maszyn.